Dans le domaine de la microbiologie alimentaire, plus de 80 méthodes alternatives bénéficient de la marque AFNOR VALIDATION. Les validations portent sur la détection de micro-organismes (Listeria, Salmonelles, Coliformes...) et sur la détection des antibiotiques.
                       
La marque AFNOR VALIDATION, largement reconnue en France depuis les années 1990, bénéficie aujourd’hui d’une notoriété importante au niveau européen et international.C'est une certification européenne à part entière, à côté des systèmes de Validation techniques constitués par NordVal (Validation intergouvernementale des 5 pays nordiques) et l'AOAC (Validation technique nord-américaine).

AFNOR Certification a adopté, dès sa parution en 2003, le protocole de validation basé sur la norme EN ISO 16140 (protocole de validation des méthodes alternatives). Le protocole mis en œuvre a été enrichi des interprétations jugées nécessaires par le bureau technique.
La marque AFNOR VALIDATION est leader sur le marché européen et mondial avec plus de 80 méthodes validées selon le protocole EN ISO 16140 début 2009, aussi bien pour les méthodes qualitatives que quantitatives. Les méthodes validées selon un protocole antérieur à la norme EN ISO 16140 sont en cours d’étude afin de s’aligner sur le nouveau protocole.

Grâce à l’expérience acquise dans la réalisation des études de validation selon la norme EN ISO 16140, AFNOR Certification a pu proposer dès 2005 un document technique étayé, qui a été transmis à l’ISO pour déclencher la révision de cette norme. La contribution technique majeure apportée par la marque AFNOR VALIDATION permet aux instances de normalisation internationales de s’appuyer sur des critères objectifs (données de validation) pour mener la révision.

Parmi les apports d’AFNOR VALIDATION dans la mise en œuvre du protocole EN ISO 16140, on peut citer notamment l’importance des échantillons naturellement contaminés et la variété des matrices testées dans l’étude d’exactitude. Egalement, la nécessité de confirmer les échantillons positifs pour les méthodes de détection de microorganismes pathogènes.

Dès janvier 2006,  la mise en application du règlement (CE) 2073/2005 relatif aux critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires, a conféré à la marque AFNOR VALIDATION une dimension européenne incontestable.

En effet, la marque AFNOR VALIDATION répond aux trois exigences fondamentales décrits à l'article 5 du règlement en vue de la reconnaissance européenne des méthodes alternatives :
- Elle est délivrée par un organisme certificateur tierce partie (AFNOR Certification).
- Elle met en œuvre le protocole de validation décrit dans la norme EN ISO 16140.
- Elle prend en référence pour la validation les méthodes décrites à l'annexe du règlement.

La Direction Générale de l'Alimentation (DGAL) a formalisé cette reconnaissance dans sa note DGAL/SDSSA/N2008-8009 du 14 janvier 2008, qui déclare que, "Pour les méthodes alternatives commerciales, la certification délivrée par AFNOR Certification sous la marque "AFNOR Validation" satisfait aux exigences de l’article 5 du règlement n°2073/2005." (Cf articles 4.1 et 4.3 de la note téléchargeable ci-joint)

Des négociations sont ouvertes entre AFNOR Certification et les autres systèmes de Validation en Europe et dans le monde, afin d’établir à terme une reconnaissance entre les validations.